近年、新たな生物分布の調査法として環境DNA (eDNA) 分析が注目されている。eDNA分析は主に水棲生物を調査対象とし、調査地の水に含まれる対象種のDNA断片をPCRによって特異的に検出する手法である。eDNA分析では1回のPCRで1種の検出を行うのが一般的であるが、複数の検出対象種がいる場合、PCRを複数回実施する必要が生じ、時間や試薬、そして試料などが多く必要となる。そこで本研究では1回のPCRで複数種の検出を行うマルチプレックスPCRをeDNA分析に適用し、eDNA分析における複数種同時検出の最適手法を開発することを目的とした。その為、我々はeDNA分析におけるマルチプレックスPCRに最適な試薬濃度の決定、検出限界の検討、野外試料に対する種ごとのPCRとマルチプレックスPCRの検出能力の比較を実施した。

野外調査は大阪湾に流入する15河川で採水したサンプルについて、アユ (Plecoglossus altivelis) 、スズキ (Lateolabrax japonicas) 、ボラ (Mugil cephalus) を対象に両手法でeDNA分析を行った。各対象種の検出結果は両手法間で91%一致した。種ごとのPCRでのみ検出された場合もあった一方で、マルチプレックスPCRのみで検出されたものもあり、検出能力に一方的な偏りはなかった。よって、結果の不一致の要因は今後の検討課題であるものの、マルチプレックスPCRによるeDNA分析は、種ごとのeDNA分析と比較して遜色のない検出能力を有している事が示された。マルチプレックスPCRによる複数種の同時検出の開発は、従来手法に比べ大きくコストカットが可能でeDNA分析による生物の分布調査の更なる効率化に寄与できると思われる。