環境DNA分析は、生物の検出にDNA情報を利用することから、見た目で区別のつきにくい遺伝子型や亜種の検出にとりわけ有効であると考えられる。しかし、それらの生物は遺伝的に似通っているため、小さな変異に基づく判定法の開発が必要となる。一塩基多型（SNP）は塩基配列における１つの塩基の変異である。ゲノム上に最も多く存在する変異であり、近縁種や遺伝子型を区別する際に有用であるため、SNPマーカーを環境DNA研究において実用化する意義は大きい。

我々は、日本固有の在来系統コイとユーラシア大陸原産の外来系統コイをモデルとし、SNPに基づいて種内遺伝子型のバイオマス比を定量的に推定する環境DNA手法を確立した。本手法では、各系統に固有のSNP塩基をRNAとしたDNA-RNA-DNAプローブを設計し、それぞれを異なる蛍光色素で標識した。そして、これら２種のプローブと共通プライマーを用いたリアルタイムPCRにより、二者のDNA比を定量した。定量されたDNA比は、実際のバイオマス比と強い相関を持つことが水槽実験より確かめられた。

これまでに、本手法を２つの野外調査へ適用した。まず、外来系統コイの侵入レベルを広域に推定した。中国地方から九州の貯水池および河川における外来DNA頻度は70%以上と高く、外来系統コイが西日本に広く浸透していることが示唆された。次に、琵琶湖における両系統の季節移動パターンの推定を行った。琵琶湖の内湖における在来／外来DNA比をモニタリングしたところ、冬期に在来DNA頻度が減少することから、在来系統は冬には内湖から本湖へと移動し、春になると再び内湖へ戻ることが示唆された。このように、環境DNA分析におけるSNPの定量的解析法は、隠蔽外来種の侵入把握や、遺伝子型間の生態学的変異の解析へと応用されることが見込まれる。