これまで、環境DNAを測定することで水域環境における生物分布や生物量が明らかになることを発表してきた。特に、生物量は環境DNAの量と相関があることがわかってきており、環境DNA量から生物量を推定できると考えられる。これまでの環境DNA研究では，リアルタイムPCR装置を用いて解析されてきたが、近年では、次世代（第３世代）PCRと呼ばれるデジタルPCR法が実用化され、研究に用いられつつある。デジタルPCR法は，小分けされたドロップレットにある１−数コピーのDNAを、個別に増幅させて定量することから、リアルタイムPCRよりも高精度でDNA量を定量でき、さらにPCR阻害に強いと考えられている。本研究では、２つの実験を行った。実験１））デジタルPCRとリアルタイムPCRにおける環境DNAを用いた生物量の定量の検出精度について、メソコズム実験からのサンプルを用いて検討した。その結果，低濃度の環境DNAにおいて、デジタルPCRでより高精度に測定できることがわかった（Doi et al. 2015 PLOS ONE 10: e0122763）。実験２）ため池に生息するブルーギルの環境DNAの在・不在について、デジタルPCRとリアルタイムPCRでの検出感度の違いについて検討したところ，デジタルPCRを用いた測定ではリアルタイムPCRよりも検出感度が高いことがわかった(Doi et al. 2015 Environmental Science & Technology 49:5601-5608)。これはデジタルPCRが，野外サンプルに含まれる高分子有機物などからのPCR阻害に強いからであると考えられた。