琵琶湖南湖湖底では年によって沈水植物の繁茂が著しい。一方で付着性藍藻リングビア類（Lyngbya）が優占する場所もある。これらの場所では一般に底質での底生動物の生息密度が低いが、一方で沈水植物の生長につれて植物付着性の底生動物は増加する。湖水中における底生動物の増加は湖内の有機物循環に関わると共に、ユスリカ等の水生昆虫が増加する場合にはそれらの成虫羽化に伴い、湖内栄養物質の湖外への移動・除去、湖岸市街地への不快昆虫の増加や、羽化成虫が陸上生物の餌となることによる陸上生態系への有機物供給（subsidy）効果につながるため、琵琶湖内外の生態系への影響が大きいと考えられる。従って、その分布・生物量・移動分散等を把握することがこれらの現象の理解と管理には求められるが、その際、底生動物各種を正確に区別することが欠かせない。生物種の区分・同定にはDNAバーコーディングを活用するのが望ましいため、まず南湖の底生動物種同定に必要なDNAバーコード（種固有DNA塩基配列）の収集を進めている。また、同時に従来の分類同定では未発見の分類群の探索もかねて、定量採集標本の全個体DNAバーコーディングも行い、前記のような湖底環境に対応した底生動物群集の違いの解明も目指している。
昨年初夏から今春にかけて4回、琵琶湖南湖で沈水植物あるいはLyngbyaが優占する6地点で底生動物を採集した。採集標本は1個体毎にDNAバーコーディングを行い、分類群を区別し、定量的組成をまとめる。採集地点設定、水質観測、沈水植物繁茂状況把握には、琵琶湖博物館・琵琶湖環境科学研究センターの協力を受けている。初夏の採集標本からは、沈水植物帯でユスリカ、Lyngbya帯でミズムシ、ヨコエビの優占することがわかった。