自然生態系は多種多様な生物群で構成されている。しかし、従来の群集生態学では、単一の生物群の中の、さらに限られたギルドに属する生物種間の共存機構に議論が集中してきた。さらに、ある程度の信頼性をもって実証された理論に関して言えば、そのほとんどは2種間の競争関係に知見が限定されてしまっているとも言える。地球上の各地で生態系の劣化が進み、生物多様性が失われつつある中、生態系レベルの実課題を解決できるだけの検証可能性と具体性を備えた生物群集研究の土台が必要となってきている。
本研究室では、多様な生物群・多様な生態系を研究対象として、偏りなく生物多様性や生物間相互作用にみられるパターンをできるだけ偏りなく把握することを第一の目標として掲げている。先入観をできるだけ排して追求した先にみえてくる現象を把握した上で、本質的に必要な理論を、既存のフレームワークにとらわれることなく構築することが、次のステップとなる。さらに、その最適化した理論や研究アプローチの有効性を生物群集レベルの実験で検証する、という過程も、生態系動態の根本的な理解には欠かせない。
現在、フィールドワーク、ゲノム科学、物理・数学等を適宜融合しながら、「地上食物網と地下食物網の構造動態」、「線虫類の多様性と土壌生態系機能」、「節足動物群集内で共有される共生者・寄生者群集」、「魚類の健康状態と水圏微生物叢動態」、「ミミズ腸内微生物叢と土壌生態系動態」、「植物共生真菌の多重共生と宿主植物生理」といった、多様な研究テーマに取り組んでいる。こうした多様な研究対象を1つの研究室で扱うことで、生命システム全体に対する俯瞰的視点が得られ、生物群集・生態系動態における偶然性と必然性（決定論的過程）を捉え直す試みへとつながる。フィールド生物学を入り口することで見えてくる生態系の本質的なしくみについて議論したい。