Multiplexed ISSR genotyping by sequencing（MIG-seq）法は、次世代シーケンサーを用いてゲノム全体に散らばる多数の一塩基多型（single nucleotide polymorphism, SNP）を検出し、その遺伝子型を比較的簡便・安価・迅速に特定する技術である。この技術の有効な適用分野の一つとして保全ゲノミクス研究がある。そのアウトプットとして代表的なのは、保全対象となる集団もしくは個体の系統的・集団遺伝学的位置付けが挙げられ、この情報に基づいた保全単位の設定や保全価値の評価などが可能である。このような解析では、種間レベルの系統関係だけでなく、集団間、さらには個体間すなわちクローン識別に至るまで、同じ技術によって対応できるメリットは計り知れない。また、遺伝的多様性に関する情報としては、多様性レベルだけでなく、近交度などの評価も有効である。そのほかにも、現地外保全個体の遺伝学的な位置付けや、交配実態の把握、さらには法生物学的な利用による盗掘抑止など、さまざまな貢献が可能である。さらに新しい視点での情報としては、膨大なゲノムデータを活用した集団動態推定によって、過去から現在にわたる有効集団サイズの変遷や、集団分岐パターン・年代の推定が可能になり、対象とする種・集団の実態を生々しく把握することができるようになった。本講演では、MIG-seq法を用いた保全ゲノミクス研究の例として、これらの解析をいくつかの希少種を対象として実施した成果を紹介する。