人間活動や地球環境の変動により、絶滅が危惧される種が急激に増加している。保全対象種が多い中で、保全優先度の決定が急務となっているが、客観的な指標が乏しく、保全リソースをどのように分配するかを決めることは容易ではない。我々の研究グループはこれまでに絶滅危惧種で発現している遺伝子の配列解析を通して、絶滅危惧種に特徴的な遺伝的指標(1. 遺伝的多様性が低い、2. 有害変異が蓄積している、3. 重複遺伝子含有率が低い)を見出し、そして、種の絶滅危険度を推定する取り組みを行なってきた。日本国内の維管束植物においても多くの種の絶滅が危惧されているが、国内で希少であっても、海外において同種が広く分布しているケースが多い事が知られている。このように日本国内だけで希少な種に対して、限られた保全リソースを割く価値があるのだろうか。国内希少集団が、海外普通集団と比較して絶滅危惧種に特徴的な遺伝的指標を示さない場合には、保全優先度は高くないといった客観的な示唆を与える事ができるだろう。そこで我々は、国内で希少、かつ、海外で広く分布する6種(タイワンホトトギス、ユズノハカズラ、ラインダイミズ、ツルウリクサ、マツムラソウ、ハコベマンネングサ)について、国内外個体のRNA-seq解析を実施し、遺伝的指標の相違について調査を行った。その結果、海外の集団から分岐してから長い年月が経過している国内希少種では、遺伝的多様性が低く、また、有害変異が蓄積しており、ゲノムの状態が悪い事が示唆された。一方で、海外集団と国内希少集団の間で遺伝的分化が進んでいない種においては、ゲノムの状態に大きな違いは観察されなかった。本研究により、海外で広く分布する種であっても保全価値の高い国内希少種が存在する事が示された。今後、保全活動を実施する際には個体数だけでなく、ゲノムの情報を参照して保全リソースの分配を考えていく事が重要となっていくだろう。